Ich habe gleich den Ordner der ModAPI gelöscht, neu gestartet und siehe da, es funktioniert. Immer diese Vorführeffekte, das hätte ich gleich so machen sollen. Trotzdem danke dass du mir helfen wolltest.
Also die Bäume wachsen definitiv auch nach, wenn man die Baumstümpfe entfernt hat. So stehen jetzt bei mir 2 Bäume Mitten in einer Palisade, wo ich vorher die Baumstümpfe entfernt hatte.